Mario Aschauer wurde 1980 in Linz/Donau geboren. Während der Zeit am Linzer Musikgymnasium begann er seine Studien in Orgel, Klavier, Cembalo, Hammerklavier und Dirigieren in Linz und Salzburg, sein Diplom in Dirigieren erhielt er am Linzer Bruckner-Konservatorium im Alter von 17 Jahren. Der Reifeprüfung folgten Studien in Musikwissenschaft und Philosophie an der Universität Wien, Sponsion zum Mag. phil. mit Auszeichnung im Juni 2004; Promotion zum Dr. phil. mit Auszeichnung im April 2008.

Zu den von Aschauer geleiteten Ensembles zählen u.a. der VOEST Chor Linz, das Linzer Jeunesse Orchester, das Innviertler Symphonie-Orchester, das Ensemble Progetto Semiserio Wien sowie die Virtuosi di Praga. Er ist Gründer des Ensemble NovAntique Linz, ein Orchester, das sich mit historischen Instrumenten auf die Musik des späten 18. Jahrhunderts spezialisiert; so erfuhren beispielsweise F.L. Gassmanns großes Oratorium La Betulia Liberata, G.C. Wagenseils Stabat Mater, A. Salieris Requiem-Vertonungen und, als ein Tribut zum 250. Geburtstag des Komponisten, J.M. Kraus’ Der Tod Jesu erfolgreiche (Wieder)Aufführungen durch das junge Ensemble.

Mario Aschauer ist mehrfacher Stipendiat und Mitglied des Internationalen Gustav Mahler Jugendorchesters und Träger des Bayreuth-Stipendiums des Richard Wagner Verbandes. Sein Operndebüt feierte er im Herbst 2000 in Bozen mit Glucks Orfeo ed Euridice mit den Virtuosi di Praga und Derek Lee Ragin als Orfeo.

Als Musikwissenschafter beschäftigt sich Aschauer hauptsächlich mit der Musikgeschichte, der Aufführungspraxis und dem Konzertwesen in Wien um 1800. Er ist Mitarbeiter der Joseph Martin Kraus Gesamtausgabe und wirkendes Mitglied des Vereins zur Herausgabe der Denkmäler der Tonkunst in Österreich. Zwischen 2004 und 2006 war Aschauer als Assistent von Prof. Herbert Seifert am Institut für Musikwissenschaft der Universität Wien tätig, im Zuge dessen er an Lehrveranstaltungen zur Musikphilologie, -analyse und -geschichte mitwirkte. Seither regelmäßige eigenständige Lehrtätigkeit an der Universität.

Seit 2008 ist Aschauer Mitarbeiter der Neuen Schubert-Ausgabe an der Kommission für Musikforschung der Österreichischen Akademie der Wissenschaften.